Uživatelská příručka iMed
Zavedení
1.1. Účel
Účel tohoto web Aplikace je vzít nezpracované informace a umožnit s nimi manipulovat způsobem, který poskytuje výsledky užitečné při rozhodování. Může to být trénování modelu s nezpracovanými daty nebo předpovídání výsledku pomocí modelů a analýzy.
1.2. Navigační nabídka
Navigační nabídka v horní části stránky obsahuje všechny odkazy, abyste se dostali tam, kam potřebujete. Pokud se někdy ztratíte, můžete se kdykoli kliknutím na šipku zpět dostat na známou stránku, vrátit se domů nebo najít stránku, kterou hledáte v navigační nabídce.
1.3. Účet
Pokud ještě nemáte účet, musíte se pro používání aplikace zaregistrovat. Chcete-li tak učinit, klikněte na tlačítko účtu vpravo nahoře a klikněte na Registrovat. Poté zadejte své uživatelské jméno, heslo a e-mail a pokračujte.
Pokud již máte účet, přihlaste se pomocí svého uživatelského jména a hesla.
Domovská stránka
Kliknutím na položky v levé části stránky se uprostřed stránky zobrazí popis každé z nich, abyste pochopili, co každá z nich dělá.
iMedBot
Aplikace iMedBot představuje rozhraní, které podporuje snadnou interakci uživatele s agenty, což umožňuje personalizované predikce a modelování. Slouží jako první krok k transformaci výsledků výzkumu hlubokého učení do online nástroje, který má potenciál podnítit další výzkumné aktivity v této oblasti. Příslušnou uživatelskou příručku naleznete zde.
Analýza dat
4.1. Načíst podmnožiny
Tato sekce umožňuje uživateli upravovat jejich datovou sadu. Z rozbalovací nabídky můžete buď nahrát novou datovou sadu, nebo použít existující.
Po nahrání datové sady si můžete kliknutím na jednu z možností v levé postranní nabídce vybrat, jakou akci chcete provést.
4.1.1. Načíst podmnožiny na základě filtrů
Tato sekce umožňuje získat menší podmnožinu původní datové sady na základě daných filtrů. Vyberte hodnoty, které chcete v podmnožině, a poté vyberte sloupce, které chcete zobrazit v konečné sadě dat.
4.1.2. Vrátit seřazené výsledky
To vrátí datovou sadu v seřazené podobě. Vyberte cílový sloupec, pořadí řazení, počet řádků, které se mají vrátit, a sloupce, které se mají zobrazit v konečném výstupu.
4.1.3. Rozbalte datovou sadu
To umožňuje uživateli rozšířit singulární sloupec uložený jako slovník do skutečné tabulky, se kterou pak může uživatel manipulovat. Vezme vnořenou datovou sadu a přesune to, co uživatel požaduje, do nejvyšší vrstvy. Nejprve nahrajte datovou sadu, která obsahuje sloupec s vnořenou datovou sadou. Pokud je automaticky detekován sloupec, který je třeba rozbalit, vyberte, který sloupec chcete rozšířit a které sloupce extrahovat z vnořených informací. Klikněte na odeslat a můžete view vaše informace jako sloupce tabulky namísto vnořených dat.
4.2. Sloučit Files
Výběrem a nahráním více datových sad kliknutím ctrl (příkaz pro mac) je sloučíte do jedné větší datové sady, než se použije pro něco jiného.
Stačí vybrat všechny datové sady a vyplnit požadované informace. Tím se uloží nová datová sada do aplikace iMed a je pak k dispozici ke stažení.
4.3. Funkce plotru
Tato část umožňuje uživateli vykreslit svou datovou sadu. Vyberte jednu z možností v nabídce na levé straně a poté vyplňte požadovaná pole, abyste získali svůj pozemek. Níže jsou uvedeny typy grafů, které můžete ze svých dat vytvořit:
4.4. Statistická analýza
Tato sekce nám umožňuje provádět statistické testy naší datové sady. Z nabídky na levé straně vyberte test, který chcete spustit, a vyplňte pole pro spuštění testů. Níže jsou uvedeny typy testů, které jsou k dispozici:
ODPAC
5.1. Učit se
Tato stránka obsahuje stručný popis každého typu zdroje dostupného na této stránce. Kliknutím na tlačítko v horní části každé sekce bude odkaz na jinou stránku, která uživateli umožní použít téma nebo se o něm dozvědět více.
5.1.1. Epistáze
Tato stránka nám umožňuje používat MBS, vyhledávací algoritmus k učení se z dat. Konkrétně nám umožňuje studovat epistázu, interakci mezi dvěma nebo více geny, které ovlivňují fenotyp. To je užitečné pro proffile onemocnění z genetického hlediska. Konvenční metody nejsou vhodné pro zpracování vysokorozměrných dat nalezených v celogenomových asociačních studiích (GWAS). Algoritmus Multiple Beam Search (MBS) umožňuje detekovat interagující geny mnohem rychleji. Nahrajte data, která chcete použít, a poté zadejte požadovaná pole. Pro podrobnější informace naleznete celý dokument zde.
5.1.2. Rizikové faktory
Tato stránka nám umožňuje používat balíček IGain k učení interakcí mezi daty. Konkrétně se učí interakce z vysokorozměrných dat pomocí heuristického vyhledávání. Tato metoda staví na metodě Exhaustive_IGain dříve vyvinuté k učení interakcí z nízkorozměrných dat. Nahrajte data a poté zadejte požadovaná pole. Více informací o prahových hodnotách IS a iGain naleznete zde.
5.1.3. Predikční modely
Tato část umožňuje použití predikčních modelů, které jsou již předpřipravené nad modely strojového učení, aby se urychlilo jejich použití. To umožňuje jejich použití bez použití kódování a předchozích zkušeností k predikci modelů pomocí vlastní datové sady. Uživatel má k dispozici řadu predikčních modelů, včetně logistiky, regrese, podpůrných vektorových strojů (SVM), rozhodovacích stromů a mnoha dalších. Úplný seznam metod predikce naleznete na pravé straně stránky zde.
5.2. Předpověď
Tato část umožňuje předpovědi z dříve nahraného sdíleného modelu. Nejprve nahrajte sdílený model, pokud jste tak již neučinili. Poté kliknutím na název modelu vyberte model, který chcete použít pro predikci. Poté nahrajte data pro predikční model, který chcete použít. To lze provést buď ručně pomocí formuláře v dolní části stránky nebo pomocí šablony, která je k dispozici ke stažení. Pokud používáte šablonu, nahrajte datovou sadu file a kliknutím na Odeslat obdržíte předpověď modelu.
5.3. Podpora při rozhodování
Podpora rozhodování poskytuje klasifikaci a může vést výběr léčby na základě informací dodaných do systému. Byl vycvičen z dat, aby doporučil optimální léčebný postup na základě vlastností pacienta. Více informací o systémech podpory klinického rozhodování (CDSS) naleznete zde.
Doporučení systému bere vlastnosti pacienta a doporučuje léčebný postup a předpovídá budoucí pravděpodobnost metastázy za 5 let. Uživatelská intervence využívá jak vlastnosti pacienta, tak léčebný postup k předpovědi budoucí pravděpodobnosti 5letých metastáz na základě současné léčby namísto optimální léčby.
MBIL
Markov Blanket and Interactive Risk Factor Learner (MBIL) je algoritmus, který se učí jednotlivé a interaktivní rizikové faktory, které mají přímý vliv na výsledek pacienta. Kliknutím na „přejít na MBIL“ budete přesměrováni na index Python Package Index (PyPI) pro balíček MBIL, který se nachází zde. Více informací o MBIL lze nalézt na BMC Bioinformatics.
Datové sady
Tato sekce umožňuje uživateli vidět a nahrávat nové datové sady do web aplikace.
7.1. Viz Všechny dostupné datové sady
Chcete-li zobrazit všechny dostupné datové sady, jednoduše klikněte na „Zobrazit dostupné datové sady“.
7.2. Nahrajte datovou sadu
Chcete-li nahrát datovou sadu, klikněte na „Share Your Datasets“ a poté vyplňte požadované informace, jak je uvedeno na webstrana. Nejprve nahrajte datovou sadu a vyplňte povinná pole.
Poté vyplňte pole níže nebo nahrajte text file s vyplněnými informacemi. ExampNíže je uveden návod, jak uspořádat informace tak, aby jim aplikace porozuměla.
Modelky
Tato sekce umožňuje uživateli vidět modely, které má k dispozici, a sdílet model.
8.1. Viz Všechny dostupné modely
Chcete-li zobrazit všechny dostupné modely, klikněte na „Zobrazit dostupné modely“.
8.2. Sdílejte modelku
Chcete-li sdílet model, klikněte na „Share Your Models“ a poté nahrajte model file trénovaný pomocí tensor flow nebo PyTorch.
8.2.1. Související datová sada
Poté byste měli nahrát související datovou sadu, která obsahuje záhlaví. Třída/štítek pro datovou sadu by měl být v posledním sloupci.
8.2.2. Prediktory a informace o třídě
Pokud datová sada obsahuje všechny funkce, lze formulář funkce po nahrání datové sady přeskočit. Pokud však nejsou zahrnuty všechny, musí být tato informace uvedena v popisu file nebo ve formuláři funkce. Vyberte možnost z rozbalovací nabídky, která uvádí, jak hodláte poskytovat prediktory a informace o třídě.
Pokud používáte možnost popisu, můžete buď vyplnit pole, nebo nahrát text file s vyplněnými informacemi. ExampNíže je uvedeno, jak informace uspořádat.
Dokumenty / zdroje
 |
Aplikace iMed Web Aplikace [pdfUživatelská příručka iMed, iMed Web Aplikace, Web Aplikace |